Er zijn verschillende oorzaken voor diarree. De meest voorkomende oorzaken zijn een infectie van de maag of darmen, het prikkelbaardarm syndroom, voedselallergie, medicatie (zoals antibiotica), stress of chronische ziekten, zoals de ziekte van Crohn of collitis ulcerosa. Je kan ook diarree krijgen als je juist verstopt zit.
Maag-darm infecties kunnen door virussen, bacteriën en parasieten worden veroorzaakt. Deze infecties kan je zowel in Nederland als in het buitenland oplopen. We noemen diarree pas chronisch als je minstens zes weken diarree hebt. Soms wordt er geen goede oorzaak voor de diarree gevonden, het wordt dan onverklaard genoemd.