Klachten die passen bij PJP zijn koorts, hoesten, pijn op de borst en moeite hebben met ademhalen. Dit zijn de klachten die je ook bij een gewone longontsteking kan hebben. Er is aanvullend onderzoek in het ziekenhuis nodig om de diagnose PJP te kunnen stellen. Onder andere bloedonderzoek, een longfoto en soms zelfs een longspoeling. Als de diagnose PJP gesteld is, wordt er met antibiotica gestart. Zonder behandeling kan iemand overlijden.