Klachten die passen bij anuskanker zijn bloed- of slijmverlies uit de anus, pijn (bij het zitten of het poepen), jeuk bij de anus, meer of juist minder aandrang voelen om te poepen en soms kan er een zwelling of knobbeltje bij de anus zitten.
Ook kan iemand afvallen zonder hier actief mee bezig te zijn. Veel van deze klachten kunnen ook bij aambeien voorkomen (een aambei is géén hiv-indicatoraandoening). De huisarts kan deze aandoeningen van elkaar onderscheiden.